يشتمل الهيكل التنظيمي الحالي للدّيوان على:
1. إدارة مركزية بباجة تتكوّن من إدارة عامّة، إدارة للتخطيط والمتابعة والتقييم، إدارة للتنشيط الّريفي والدّعم الفنّي، إدارة للموارد البشريّة والتكوين، إدارة للشّؤون الماليّة، وحدة لتنسيق المشاريع، وحدة للنهوض بالمقاربة التّشاركيّة والشّراكة، وحدة للإعلاميّة ووحدة للتدقيق الدّاخلي ومراقبة التّصرّف.

تلعب الإدارات المركزيّة دورا هاما في التصوّرات التنمويّة للديوان من حيث التوجهات والمتابعة وتضمن تناسق برامج الديوان و توفّر آليّات قيادة المشاريع ( مذكّرات فنيّة ومنهجيّة وآليّات المتابعة والتقييم ..)

2. أربع إدارات جهويّة (باجة، الكاف، عين دراهم وسجنان) و وحدة دعم المشروع على مستوى ولاية سليانة . تتمثّل مهامّ الإدارات الجهويّة في النّهوض بالتخطيط المحلّي بالتنسيق مع الشّركاء وتنفيذ البرامج ودعم الهياكل القاعديّة الممثّلة للمنتفعين. يتكوّن الفريق الجهوي من مدير جهوي مدعوم بفريق إداري وفريق فنّي متعدّد الاختصاصات.

على المستوى المحلّي، تتدخّل الإدارة الجهويّة بواسطة فريق من المنشّطين المستشارين انطلاقا من مراكز التنشيط والاستشارة المتواجدة على مستوى العمادات بالقرب من المنتفعين والذي يوفّر التكوين والإرشاد والاستشارة لفائدة الفئات المستهدفة.

ويدعم المنشطين المستشارين في تنفيذ مهامّهم فريق متعدّد الاختصاصات يعمل بتنسيق دائم مع متدخلين آخرين من ذوي الاختصاصات الفنّية وبتكامل مع المعارف الفنّية للمزارعين.